【 本堂 】
寛政四年（1792年）旧暦四月一日（新暦五月十四日）、普賢岳の噴火に伴う眉山の大崩落により引き起こされた大津波によって、堂塔法物の全てが流出し、門信徒一千余人とともに時の住職も流死するという厄災に遭う。（この災害を『島原大変』と言う）
ただ一人生き残った息子・大瑞院釋龍珠を中心として、本堂再建にかける門信徒の懇念により、文化三年（1806年）六月七日、上棟式を挙行し再建されたのが現在の本堂である。
長年の風雪による痛みが激しくなり、昭和五十四年（1979年）より昭和の本堂大改修が施行され、昭和五十六年（1981年）完成、同年十月二十三日より二十五日まで落慶法要が営まれた。
【 門徒会館（仏間・納骨堂） 】
本堂に隣接する門徒会館。
一階には仏間があり年忌法事を行えます。また、研修会や会議などにも利用されています。
二階には各家庭の過去帳を預かった壇が並び、その奥には納骨壇も設置されています。
【 墓地（永代供養墓） 】
安養寺は、境内墓地を含め島原市内五ヶ所の墓地を管理しています。
そこには多くの門信徒の墓地がある中に、三基の安養寺が管理する【永代供養墓】も建っています。
近年は、後を託す方が居ない、又は居ても後を見ることが困難であるなど、先々に不安を抱えておられる門信徒が増えつつあるようで、【永代供養墓】への埋蔵の相談や埋蔵希望者が増えてきつつあります。
詳しくは「永代供養について」をご覧ください。